Calcolatore di concentrazione DNA

Un calcolatore di concentrazione del DNA converte una lettura di spettrofotometro a 260 nanometri in nanogrammi per microlitro secondo l'identità consueta del DNA a doppio filamento: la concentrazione è A260 per 50 per il fattore di diluizione. Un'unità di assorbanza a 260 nm su un cammino di un centimetro corrisponde a 50 microgrammi di dsDNA per millilitro, e quella cifra è numericamente identica a 50 nanogrammi per microlitro, l'unità che i quaderni di clonaggio e di qPCR pipettano davvero. Se la cuvetta o il piedistallo NanoDrop conteneva un'aliquota diluita, Lei moltiplica per il fattore di diluizione così il risultato è la concentrazione dello stock, non quella del pozzetto diluito.

Come A260 diventa nanogrammi per microlitro

Gli acidi nucleici assorbono luce ultravioletta con un massimo vicino a 260 nanometri perché le basi aromatiche hanno sistemi di doppi legami coniugati. Per il DNA a doppio filamento la convenzione della comunità, scritta in ogni manuale di clonaggio molecolare e in ogni SOP di NanoDrop o di cuvetta, è che un'assorbanza di 1.000 a 260 nm attraverso un cammino ottico di un centimetro corrisponde a 50 microgrammi di dsDNA per millilitro.

Microgrammi per millilitro e nanogrammi per microlitro sono lo stesso numero, quindi l'identità al banco è concentrazione in ng/µL uguale ad A260 per 50. Quando l'aliquota nella cuvetta o sul piedistallo non è lo stock non diluito — una diluizione 1-in-10 di una miniprep, una diluizione 1-in-50 di una purificazione PCR — Lei moltiplica per quel fattore così la concentrazione riferita è lo stock che pipetterà in seguito, non il pozzetto diluito che ha appena misurato.

Non stima la purezza da A260/A280, non converte in molarità e non sceglie un cammino ottico diverso dalla convenzione di un centimetro già incorporata nel fattore 50. Quelle sono ricerche diverse. Una lettura di 0.50 su una diluizione a dieci volte produce dunque 0.50 × 50 × 10 = 250 ng/µL di stock dsDNA; una lettura di 0.80 su un campione non diluito, fattore di diluizione 1, produce 40 ng/µL.

Inserisca il fattore di diluizione pari a 1 quando ha misurato lo stock stesso.

Dove un calcolatore di concentrazione del DNA giustifica l'uso

I laboratori didattici e i corsi di biologia molecolare usano un calcolatore di concentrazione del DNA perché gli apprendisti smettano di trattare un A260 grezzo come una concentrazione e possano mostrare i 250 ng/µL che spettano a una lettura di 0.50 su una diluizione di miniprep a dieci volte. Le strutture centrali e i quaderni di preparazione di plasmidi tengono la stessa identità accanto alle stampe dello spettrofotometro quando un NanoDrop riferisce 0.82 su una diluizione al doppio e lo stock che entra in una ligazione è 82 ng/µL.

Gli script di clonaggio ad alta resa, i fogli di curva standard di qPCR e gli oracoli dei compiti di un LMS necessitano di un parse deterministico che rifiuti un'assorbanza nulla o assente invece di moltiplicare e restituire in silenzio zero nanogrammi.

I siti di contenuto che si posizionano per un calcolatore di concentrazione del DNA traggono beneficio da un controllo dal vivo il cui percorso gratuito nel browser coincide con quello di automazione prepagata sullo stesso modulo puro, e non devono cannibalizzare la ricerca distinta di un calcolatore di massa inserto:vettore in ligazione: quella interrogazione vuole nanogrammi di inserto da lunghezze di frammento, non ng/µL da un A260. La convalida fallita non consuma il saldo.

Le ricerche di concentrazione di RNA a 40 ng/µL per A260 o di fattori di oligo vicini a 33 sono intenzioni diverse: resti su questa pagina quando l'acido nucleico è DNA a doppio filamento e l'unità di uscita è nanogrammi per microlitro.