Razão molar inserto:vetor
Monte a ligação por moléculas, não por massa: com 50 ng de um vetor de 3000 pb, um inserto de 500 pb e razão 3:1, você adiciona 25 ng de inserto. Os picomols de cada fragmento também aparecem. Grátis no seu navegador.
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Exemplo resolvido
- Massa do vetor
- 50
- Comprimento do vetor
- 3.000
- Comprimento do inserto
- 500
- Razão molar
- 3
- Unidade de comprimento
- Bp
- Comprimento do vetor (pb)
- 3.000
- Comprimento do inserto (pb)
- 500
- Massa do inserto
- 25
Uma calculadora da razão molar inserto:vetor numa ligação indica quantos nanogramas de DNA inserto você deve acrescentar a uma massa conhecida de vetor linearizado para que os dois fragmentos encontrem a proporção molar escolhida. Como um fragmento mais longo pesa mais por molécula, massas iguais não são mols iguais: um plasmídeo de 3 kb supera em massa um inserto de 500 bp cerca de seis para um, de modo que uma ligação 1:1 misturada com os mesmos nanogramas deixaria a reação sem inserto. A fórmula usual escala a massa do vetor pela razão de comprimentos inserto/vetor e depois pela razão molar alvo, em geral 3:1 em extremidades coesivas ou entre 1:1 e 5:1 ao testar condições.
Por que nanogramas iguais não são uma ligação 1:1
Ligações de clonagem molecular unem um vetor linearizado e um inserto com T4 DNA ligase. A química depende de extremidades compatíveis que se encontram, ou seja, de quantidades molares, não das massas em escala de miligramas que um espectrofotômetro informa. O DNA de fita dupla tem massa aproximadamente constante por par de bases, por convenção 650 gramas por mol por par de bases, então o número de mols numa alíquota de nanogramas é inversamente proporcional ao comprimento do fragmento.
Cinquenta nanogramas de um plasmídeo de 3000 bp são, portanto, seis vezes mais mols do que cinquenta nanogramas de um inserto de 500 bp. Se você misturar essas massas iguais, montou uma reação 1:6 inserto:vetor, o oposto do excesso de inserto 3:1 que a maioria dos protocolos de extremidades coesivas recomenda. A correção é uma proporção: a massa do inserto é a massa do vetor vezes (comprimento do inserto dividido pelo do vetor) vezes a razão molar inserto:vetor alvo.
Para 50 ng de vetor de 3000 bp, um inserto de 500 bp e uma razão 3:1, isso é 50 × (500 / 3000) × 3 = 25 ng. Ligações de extremidades cegas costumam partir mais perto de 1:1 ou 5:1 e ainda usam a mesma identidade; só a razão muda. Esta calculadora aplica essa identidade e também informa os picomols implícitos com 650 g/mol por par de bases para você comparar uma leitura NanoDrop com uma tabela de protocolo molar sem abrir uma planilha.
Onde uma calculadora de razão inserto:vetor na ligação justifica o uso
Laboratórios de ensino e cursos de clonagem usam uma calculadora de razão inserto:vetor para que os aprendizes deixem de tratar nanogramas como intercambiáveis e possam mostrar os 25 ng de inserto que cabem com 50 ng de um vetor de 3 kb a 3:1. Instalações centrais e cadernos de preparo de plasmídeo mantêm a mesma identidade ao lado das leituras do espectrofotômetro quando um produto PCR é mais curto que o esqueleto e uma mistura 1:1 em massa deixaria a reação com pouco inserto.
Sites de conteúdo que ranqueiam por uma calculadora de razão inserto vetor na ligação se beneficiam de um controle ao vivo cujo caminho gratuito no navegador coincide com o de automação pré-paga no mesmo módulo puro. A validação falha não consome saldo. Buscas de temperatura de fusão de primers sobrepostos ou do desenho de sobreposição Gibson são intenções diferentes: fique nesta página quando as entradas forem dois tamanhos de fragmento mais uma massa de vetor e a saída os nanogramas de inserto para uma razão molar alvo.
Casos de uso
Preparo de clonagem com extremidades coesivas
Quem está na bancada informa 50 ng de um esqueleto de 3000 bp e um inserto PCR de 500 bp a 3:1 e pipeta na ligação os 25 ng de inserto devolvidos.
Perguntas frequentes
Como calcular a massa de DNA inserto para uma ligação?
Um vetor de 50 ng e 3000 bp com um inserto de 500 bp a 3:1 precisa de 25 ng de inserto.
Por que a razão inserto:vetor padrão é 3:1?
Ligações T4 de extremidades coesivas costumam partir de um excesso molar triplo de inserto para que mais pontas de inserto encontrem pontas de vetor.
Quanto inserto adiciono a 50 ng de um vetor de 3000 pb com 3:1?
Para um inserto de 500 pb, adicione 25 ng. A calculadora multiplica 50 ng por 500 dividido por 3000 e depois pela razão 3, então o inserto supera o vetor em três para um.
Por que não posso misturar inserto e vetor em nanogramas iguais?
Porque um fragmento mais longo pesa mais por molécula. Cinquenta nanogramas de um plasmídeo de 3000 pb têm seis vezes mais moléculas que cinquenta nanogramas de um inserto de 500 pb, então massas iguais dão uma reação 1:6, e não 3:1.
Qual razão usar em uma ligação de extremidades cegas?
Ligações de extremidades cegas costumam começar perto de 1:1 ou 5:1, e você pode testar razões entre essas. A fórmula é a mesma; só muda a razão que você informa.
Ferramentas relacionadas
Para desenvolvedores — acesso via API
Tudo nesta página está disponível via API. Esta seção é para equipes que querem integrar a ferramenta aos próprios sistemas; quem não precisa disso pode simplesmente usar a ferramenta acima.
Endpoint
Autenticação por token Bearer. Um único POST coloca a tarefa na fila; o resultado chega por webhook ou link assinado.
Chame do seu código
curl -X POST https://api.kit.forhosting.com/bio/ligation-insert-vector-ratio \
-H "Authorization: Bearer $KIT_KEY" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d '{"vector_mass":50,"vector_length":3000,"insert_length":500}'const res = await fetch("https://api.kit.forhosting.com/bio/ligation-insert-vector-ratio", {
method: "POST",
headers: {
"Authorization": `Bearer ${process.env.KIT_KEY}`,
"Content-Type": "application/json"
},
body: JSON.stringify({
"vector_mass": 50,
"vector_length": 3000,
"insert_length": 500
})
});
const { task_id } = await res.json();import os, requests
res = requests.post(
"https://api.kit.forhosting.com/bio/ligation-insert-vector-ratio",
headers={"Authorization": f"Bearer {os.environ['KIT_KEY']}"},
json={
"vector_mass": 50,
"vector_length": 3000,
"insert_length": 500
},
)
task_id = res.json()["task_id"]<?php
$res = file_get_contents("https://api.kit.forhosting.com/bio/ligation-insert-vector-ratio", false, stream_context_create([
"http" => [
"method" => "POST",
"header" => "Authorization: Bearer " . getenv("KIT_KEY") . "\r\nContent-Type: application/json",
"content" => '{"vector_mass":50,"vector_length":3000,"insert_length":500}',
],
]));
$task = json_decode($res, true);body := bytes.NewBufferString(`{"vector_mass":50,"vector_length":3000,"insert_length":500}`)
req, _ := http.NewRequest("POST", "https://api.kit.forhosting.com/bio/ligation-insert-vector-ratio", body)
req.Header.Set("Authorization", "Bearer "+os.Getenv("KIT_KEY"))
req.Header.Set("Content-Type", "application/json")
res, _ := http.DefaultClient.Do(req)Exemplo de requisição
{
"vector_mass": 50,
"vector_length": 3000,
"insert_length": 500
}Exemplo de resposta
{
"task_id": "tsk_a1b2c3d4e5f6a1b2c3d4e5f6",
"type": "bio.ligation_insert_vector_ratio",
"status": "queued",
"_links": {
"result": "/tasks/tsk_…/result"
}
}A API é assíncrona: cada chamada devolve um task_id na hora. Se preferir polling, consulte o status a até 1 requisição por segundo.
Preço
Preço publicado, sem tokens nem créditos escondidos. Tarefa que falha não é cobrada.
Limites
max_mass_ng | 1000000000000 |
max_length_bp | 1000000000 |
Erros
| HTTP | Código | O que significa |
|---|---|---|
401 | unauthorized | Token ausente ou inválido. Confira o header Authorization. |
402 | insufficient_balance | Saldo insuficiente para esta tarefa. Faça uma recarga e tente de novo. |
404 | unknown_type | Esse tipo de tarefa não existe. Confira o campo type no catálogo. |
429 | rate_limited | Muitas requisições em pouco tempo. Espere um instante e tente de novo. |
Notas técnicas
Informe a massa do vetor em nanogramas e os dois tamanhos de fragmento em pares de bases ou quilopares; o mesmo módulo determinístico alimenta o executor gratuito do navegador e a API, de modo que o caderno de laboratório, uma checagem de lição num LMS e um script de preparo de clonagem nunca discordam se 50 ng de um vetor de 3 kb precisam de 25 ng de um inserto de 500 bp a 3:1.
Contrato de entrada, forma da resposta e comportamento de erro
Emparelhe a massa com a sua própria tabela de tampão de ligase; este extremo não escolhe unidades de enzima nem o tempo de incubação. Envie um corpo JSON com três números obrigatórios. vector_mass são os nanogramas de vetor linearizado que você de fato pipetará (apelidos vector_ng, ng_vector, vector). vector_length e insert_length são os dois tamanhos de fragmento após qualquer digestão de restrição ou limpeza PCR; eles compartilham length_unit, um enum de bp ou kb que por padrão é pares de bases (apelidos unit, size_unit). O opcional molar_ratio é o alvo molar inserto:vetor e vale 3 por padrão, o ponto de partida usual em extremidades coesivas; os apelidos são ratio, insert_vector_ratio e iv_ratio. Cada campo numérico pode chegar como número JSON ou como cadeia decimal ou científica. Campos obrigatórios ausentes, cadeias vazias, valores não finitos, zeros, negativos e cifras fora dos limites publicados falham com invalid_input que nomeia o campo. Essas falhas não são cobradas. Em caso de sucesso o corpo ecoa as entradas, informa vector_length_bp e insert_length_bp após a conversão opcional para quilopares, devolve insert_mass em nanogramas, mass_ratio como insert_mass dividido por vector_mass, e ratio_label do tipo 3:1. vector_pmol e insert_pmol usam 650 g/mol/bp, então um vetor de 50 ng e 3000 bp fica perto de 0.0256 pmol e um inserto 3:1 perto de 0.0769 pmol. formula reitera insert_mass = vector_mass × (insert_length / vector_length) × molar_ratio; formula_applied substitui os números desta chamada.
Onde uma calculadora de razão inserto:vetor na ligação justifica o uso
Como a implementação é parse puro de nível A, cada chamada bem-sucedida custa o preço-base publicado US$ 0,002 sem tokens de modelo e sem rede de saída. Mantenha massas e comprimentos dentro dos tetos declarados, fixe insert_mass e formula_applied nos testes e você obtém respostas reproduzíveis de 25 nanogramas para o caso de livro 50 ng / 3000 bp / 500 bp / 3:1 num caderno, num plugin LMS e num pipeline de clonagem.
Casos de integração
Folhas de exercício da razão molar
Os aprendizes conferem que nanogramas iguais não são uma ligação 1:1 e comparam insert_mass com uma linha feita à mão 50 × (L_insert / L_vector) × ratio.
Oráculos de scripts de clonagem e LMS
A automação fixa insert_mass para o caso de livro 3:1 e invalid_input quando o comprimento de um fragmento falta ou não é positivo.
Perguntas técnicas
Posso informar os tamanhos de fragmento em kb em vez de bp?
Sim. Defina length_unit como kb (os dois comprimentos compartilham essa unidade). 3 kb e 0.5 kb com a mesma massa e razão dão o mesmo insert_mass que 3000 bp e 500 bp, porque a escala se cancela na razão de comprimentos.
A calculadora pressupõe DNA de fita dupla?
Sim. insert_mass usa a razão de comprimentos, independente da constante de massa por par de bases. vector_pmol e insert_pmol empregam a média convencional 650 g/mol/bp para dsDNA.
Quanto custa a calculadora de razão inserto:vetor na ligação?
A ferramenta do navegador é gratuita. Pedidos API usam saldo pré-pago a US$ 0,002 por chamada bem-sucedida; entrada inválida não é cobrada.