ライゲーション挿入対ベクター比
ライゲーションを質量ではなく分子数でそろえます。3000 bpのベクター50 ngに500 bpのインサートを3:1で合わせるなら、インサートは25 ngです。各断片のピコモルも表示します。ブラウザで無料で使えます。
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- ブラウザで動作
- 登録不要
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無料で実行
計算例
- ベクターの質量
- 50
- ベクターの長さ
- 3,000
- インサートの長さ
- 500
- モル比
- 3
- 長さの単位
- Bp
- ベクターの長さ (bp)
- 3,000
- インサートの長さ (bp)
- 500
- インサートの質量
- 25
ライゲーションのインサート対ベクターモル比計算は、既知の質量の線形化ベクターへ、選んだモル比で両断片が合うように加える挿入DNAのナノグラム数を示します。長い断片は分子あたり重いので、等しい質量は等しいモルではありません。3 kbのプラスミドは500 bpのインサートより質量でおよそ六対一重く、同じナノグラムで混ぜた 1:1 のライゲーションは反応をインサート不足にします。標準の式はベクター質量をインサート/ベクターの長さ比で伸ばし、さらに目標モル比を掛けます。付着末端では多く 3:1、条件検討では 1:1 から 5:1 です。ベクター質量をナノグラムで、二つの断片長を塩基対またはキロ塩基対で入力してください。
等しいナノグラムが 1:1 のライゲーションにならない理由
分子クローニングのライゲーションは、線形化したベクターとインサートを T4 DNA ligase でつなぎます。化学が気にするのは適合する末端の衝突、つまりモル量であり、分光光度計が示すミリグラム規模の質量ではありません。
二本鎖DNAは塩基対あたりの質量がほぼ一定で、慣例では塩基対あたり 650 グラム毎モルなので、あるナノグラム分注のモル数は断片長に反比例します。したがって 3000 bp プラスミドの五十ナノグラムは、500 bp インサートの五十ナノグラムの六倍のモルです。
その等しい質量を混ぜると 1:6 のインサート対ベクター反応になり、付着末端の手順の多くが勧める 3:1 のインサート過剰の逆です。補正は比例です。 インサート質量はベクター質量に(インサート長をベクター長で割った値)と目標のインサート対ベクターモル比を掛けたものです。
3000 bp ベクター 50 ng、500 bp インサート、比 3:1 なら 50 × (500 / 3000) × 3 = 25 ng です。平滑末端のライゲーションは 1:1 や 5:1 に近い出発が多く、同じ恒等式を使い、比だけが変わります。
本計算はその恒等式を適用し、塩基対あたり 650 g/mol で示唆されるピコモルも返すので、表計算を開かずに NanoDrop の読みとモル手順表を比べられます。
ライゲーションのインサート対ベクター比計算が役立つ場面
教育実験室やクローニングの講座は、学習者がナノグラムを互いに置き換え可能と扱わず、3 kb ベクター 50 ng に対する 3:1 の 25 ng インサートを示せるよう、インサート対ベクター比の計算を使います。
中核施設とプラスミド調製ノートは、PCR 産物が骨格より短く 1:1 の質量混合では反応がインサート不足になるとき、分光光度計の読みの横に同じ恒等式を置きます。ライゲーションのインサートベクター比計算で順位を取る内容サイトは、無料ブラウザ経路と前払い自動化経路が同じ純モジュールで一致するライブ部品の恩恵を受けます。検証失敗は残高を消費しません。
重なるプライマーの融解温度や Gibson 組立の重なり設計は別意図です。入力が二つの断片長とベクター質量で、出力が目標モル比のインサートナノグラムであるときは、この頁に留まってください。
活用例
付着末端クローニングの準備
実験台では 3000 bp 骨格 50 ng と 500 bp の PCR インサートを 3:1 で入れ、返された 25 ng のインサートをライゲーションへピペットします。
よくある質問
ライゲーションの挿入DNA質量はどう計算しますか?
50 ng・3000 bp のベクターと 500 bp インサートを 3:1 にするには 25 ng のインサートが必要です。
インサート対ベクター比の既定が 3:1 なのはなぜですか?
付着末端の T4 ライゲーションは、インサート末端がベクター末端へ届きやすいよう、モルで三倍のインサート過剰から始めることが多いです。
3000 bpのベクター50 ngに3:1で加えるインサートはどれくらいですか?
500 bpのインサートなら25 ngです。50 ngに500÷3000を掛け、さらに比の3を掛けるので、インサートの分子数がベクターの3倍になります。
インサートとベクターを同じナノグラムで混ぜてはいけないのはなぜですか?
長い断片ほど1分子あたりの重さが大きいからです。3000 bpのプラスミド50 ngには、500 bpのインサート50 ngの6倍の分子が含まれるため、同じ質量では3:1ではなく1:6の反応になります。
平滑末端のライゲーションではどの比を使いますか?
平滑末端では1:1や5:1に近い比から始めることが多く、その間の比を試すこともできます。式は同じで、入力する比だけが変わります。
関連ツール
開発者向け — APIアクセス
このページの機能はすべてAPIからも利用できます。自社システムに組み込みたいチーム向けのセクションです。それ以外の方は上のツールをそのままお使いください。
エンドポイント
Bearerトークンで認証し、POST1回でタスクをキューに登録します。結果はWebhookまたは署名付きリンクで受け取れます。
お使いのスタックから呼び出す
curl -X POST https://api.kit.forhosting.com/bio/ligation-insert-vector-ratio \
-H "Authorization: Bearer $KIT_KEY" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d '{"vector_mass":50,"vector_length":3000,"insert_length":500}'const res = await fetch("https://api.kit.forhosting.com/bio/ligation-insert-vector-ratio", {
method: "POST",
headers: {
"Authorization": `Bearer ${process.env.KIT_KEY}`,
"Content-Type": "application/json"
},
body: JSON.stringify({
"vector_mass": 50,
"vector_length": 3000,
"insert_length": 500
})
});
const { task_id } = await res.json();import os, requests
res = requests.post(
"https://api.kit.forhosting.com/bio/ligation-insert-vector-ratio",
headers={"Authorization": f"Bearer {os.environ['KIT_KEY']}"},
json={
"vector_mass": 50,
"vector_length": 3000,
"insert_length": 500
},
)
task_id = res.json()["task_id"]<?php
$res = file_get_contents("https://api.kit.forhosting.com/bio/ligation-insert-vector-ratio", false, stream_context_create([
"http" => [
"method" => "POST",
"header" => "Authorization: Bearer " . getenv("KIT_KEY") . "\r\nContent-Type: application/json",
"content" => '{"vector_mass":50,"vector_length":3000,"insert_length":500}',
],
]));
$task = json_decode($res, true);body := bytes.NewBufferString(`{"vector_mass":50,"vector_length":3000,"insert_length":500}`)
req, _ := http.NewRequest("POST", "https://api.kit.forhosting.com/bio/ligation-insert-vector-ratio", body)
req.Header.Set("Authorization", "Bearer "+os.Getenv("KIT_KEY"))
req.Header.Set("Content-Type", "application/json")
res, _ := http.DefaultClient.Do(req)リクエスト例
{
"vector_mass": 50,
"vector_length": 3000,
"insert_length": 500
}レスポンス例
{
"task_id": "tsk_a1b2c3d4e5f6a1b2c3d4e5f6",
"type": "bio.ligation_insert_vector_ratio",
"status": "queued",
"_links": {
"result": "/tasks/tsk_…/result"
}
}非同期APIです。task_idは即時に返ります。ポーリングは1秒あたり1リクエストまでです。
料金
単価はすべて公開しています。トークン換算や独自クレジットはありません。失敗したタスクは課金されません。
制限
max_mass_ng | 1000000000000 |
max_length_bp | 1000000000 |
エラー
| HTTP | コード | 意味 |
|---|---|---|
401 | unauthorized | APIキーが無効か、指定されていません。Authorizationヘッダーを確認してください。 |
402 | insufficient_balance | 残高が不足しています。チャージ後に再度お試しください。 |
404 | unknown_type | 指定されたタスクタイプは存在しません。タイプ名を確認してください。 |
429 | rate_limited | リクエストが多すぎます。しばらく待ってから再度お試しください。 |
技術的な注記
同じ決定的モジュールが無料のブラウザ実行とAPIを動かすため、実験ノート、LMSの宿題確認、クローニング準備の脚本が、3 kbベクター 50 ng に 500 bpインサートを 3:1 で足すと 25 ng かどうかで食い違うことはありません。
入力契約、応答の形、誤りの扱い
質量は独自のリガーゼ緩衝液表と組み合わせてください。この端点は酵素単位も保温時間も選びません。必須の三つの数を含む JSON 本体を送ってください。vector_mass は実際にピペットする線形化ベクターのナノグラムです(別名 vector_ng、ng_vector、vector)。vector_length と insert_length は制限酵素消化や PCR 精製のあとの二つの断片長で、length_unit を共有します。これは bp または kb の列挙で、既定は塩基対です(別名 unit、size_unit)。任意の molar_ratio はインサート対ベクターのモル目標で、付着末端のいつもの出発点として既定は 3 です。別名は ratio、insert_vector_ratio、iv_ratio です。各数値欄は JSON 数でも十進または科学表記の文字列でもよく、必須欄の欠落、空文字、有限でない値、ゼロ、負、公表上限の外は欄名付きの invalid_input で失敗します。それらの失敗は課金されません。成功時は入力を返し、任意のキロ塩基換算のあと vector_length_bp と insert_length_bp を知らせ、ナノグラムの insert_mass、vector_mass で割った mass_ratio、3:1 のような ratio_label を返します。vector_pmol と insert_pmol は 650 g/mol/bp を使うので、50 ng・3000 bp のベクターは約 0.0256 pmol、3:1 のインサートは約 0.0769 pmol です。formula は insert_mass = vector_mass × (insert_length / vector_length) × molar_ratio を再掲し、formula_applied はこの呼び出しの数を代入します。
ライゲーションのインサート対ベクター比計算が役立つ場面
実装は純粋な parse の段階 A なので、成功した呼び出しは毎回公表の基本料金 $0.002 で、モデルトークンも外向き通信もありません。質量と長さを宣言された上限内に保ち、insert_mass と formula_applied を試験に固定すれば、実験ノート・LMS 拡張・クローニング配管向けに、教科書の 50 ng / 3000 bp / 500 bp / 3:1 に対する再現可能な 25ナノグラムの答えが得られます。
連携の活用例
教室のモル比ワークシート
学習者は等しいナノグラムが 1:1 のライゲーションでないことを確かめ、手計算の 50 × (L_insert / L_vector) × ratio と insert_mass を比べます。
クローニング脚本と LMS の神託
自動化は教科書の 3:1 の場合に insert_mass を固定し、断片長が欠けるか正でないときは invalid_input とします。
技術的な質問
断片長を bp ではなく kb で入れられますか。
はい。length_unit を kb にしてください(両方の長さがその単位を共有します)。同じ質量と同じ比なら 3 kb と 0.5 kb は 3000 bp と 500 bp と同じ insert_mass になります。尺度は長さ比で打ち消されるからです。
この計算は二本鎖DNAを前提としますか。
はい。insert_mass は長さ比を使い、塩基対あたり質量の定数には依りません。vector_pmol と insert_pmol は dsDNA の慣例平均 650 g/mol/bp を使います。
ライゲーションのインサート対ベクター比計算の料金はいくらですか。
ブラウザの道具は無料です。API 要求は成功した呼び出しごとに前払い残高から $0.002 を使い、無効な入力は課金されません。