Lunghezza della proteina da mRNA
Sappia quanto sarà lunga la proteina partendo dal solo messaggero: una sequenza codificante di 300 nucleotidi contiene 100 codoni e dà una proteina di 99 amminoacidi, perché il codone di stop non aggiunge residui. Gratis nel Suo browser.
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Esempio risolto
- Lunghezza dell'mRNA
- 300
- Lunghezza della UTR5
- 0
- Lunghezza della UTR3
- 0
- Lunghezza codificante
- 300
- Numero di codoni
- 100
Un calcolatore di lunghezza della proteina da mRNA converte la lunghezza in nucleotidi di un RNA messaggero nel numero di amminoacidi del polipeptide che esso codifica, dopo aver escluso il codone di stop che non specifica alcun residuo. I ribosomi leggono la sequenza codificante in triplette non sovrapposte: ogni codone tranne quello terminale di stop diventa un amminoacido, e quello di inizio conta come metionina o formilmetionina. Inserisca la lunghezza dell'mRNA in nucleotidi e, se le conosce, le lunghezze delle regioni non tradotte 5' e 3' così che solo il quadro di lettura aperto sia diviso per tre.
Perché la lunghezza della proteina è i nucleotidi codificanti divisi per tre, meno lo stop
Il codice genetico si legge in triplette non sovrapposte. L'RNA messaggero viene scandito da un codone di inizio, quasi sempre AUG, fino al primo codone di stop in quadro (UAA, UAG o UGA). Ogni codone fra quegli estremi specifica un amminoacido; quello di terminazione recluta il fattore di rilascio e non aggiunge residuo.
Pertanto la lunghezza della proteina in amminoacidi è il numero di codoni del quadro di lettura aperto meno uno. In modo equivalente, se L è la lunghezza della sequenza codificante in nucleotidi compreso lo stop, la lunghezza proteica vale (L / 3) − 1. Una sequenza codificante di 300 nucleotidi sono 100 codoni e codifica 99 amminoacidi; una di 900 nucleotidi ne codifica 299.
Il codone di inizio è contato: codifica metionina, o N-formilmetionina nei sistemi batterici e negli organelli, quindi è un residuo reale all'estremo N-terminale anche quando in seguito viene scisso. Le regioni non tradotte non si dividono per tre. Un mRNA eucariotico maturo porta di solito un cappuccio 5', una UTR 5', la sequenza codificante, una UTR 3' e una coda poli(A).
Si traduce solo il quadro di lettura aperto. Se incolla la lunghezza del transcritto intero senza sottrarre le UTR, conta un amminoacido in più ogni tre nucleotidi non tradotti. Questo calcolatore sottrae prima le lunghezze facoltative delle UTR 5' e 3', poi esige che la lunghezza codificante restante sia un multiplo positivo di tre e di almeno sei nucleotidi (un codone di inizio più uno di stop).
Non traduce una sequenza lettera per lettera, non predice siti di inizio alternativi e non modella slittamenti di quadro né ricodifica da selenocisteina. Risponde alla domanda da manuale e da annotazione: data questa lunghezza di mRNA, quanto è lunga la proteina codificata dopo aver escluso il codone di stop?
Dove un calcolatore di lunghezza della proteina da mRNA merita il proprio posto
Le aule di biologia e le piattaforme di tutoraggio usano un calcolatore di lunghezza della proteina da mRNA perché chi studia possa controllare la scheda classica (n / 3) − 1 senza dimenticare di togliere il codone di stop né trattare per errore quello di inizio come non codificante. I generatori di preparazione all'esame necessitano di un oracolo deterministico che rifiuti una lunghezza non divisibile per tre invece di troncare in silenzio uno slittamento di quadro che un correttore difettoso potrebbe accettare. Una convalida fallita non consuma il saldo.
Le ricerche di stime di residui dalla massa molecolare o di traduzione codone per codone sono intenti diversi: resti su questa pagina quando l'ingresso è una lunghezza di mRNA in nucleotidi e l'uscita il conteggio di amminoacidi dopo aver escluso lo stop.
Casi d'uso
Controlli di coerenza nell'annotazione di ORF
Le condotte che conoscono la lunghezza del transcritto e la dimensione delle UTR confermano il conteggio atteso di amminoacidi prima di memorizzare il peptide tradotto.
Domande frequenti
Perché si sottrae il codone di stop?
I codoni di stop (UAA, UAG, UGA) terminano la traduzione e non codificano un amminoacido. Una sequenza codificante di 100 codoni produce quindi 99 residui, non 100.
Il codone di inizio conta come amminoacido?
Sì. AUG codifica metionina (o N-formilmetionina nei batteri).
Che succede se la lunghezza dell'mRNA non è divisibile per tre?
Un resto di uno o due nucleotidi non è un insieme completo di codoni, quindi il calcolatore non inventerà una lunghezza di proteina arrotondata.
Quanti amminoacidi codifica un mRNA di 300 nucleotidi?
Ne codifica 99 se tutti i 300 nucleotidi sono sequenza codificante. Dividendo per tre si ottengono 100 codoni, e il codone di stop finale si esclude perché non aggiunge residui.
Devo includere le regioni non tradotte nella lunghezza?
Inserisca la lunghezza totale dell'mRNA e, se le conosce, le lunghezze delle regioni non tradotte 5' e 3'. Vengono sottratte per prime, così solo la cornice di lettura aperta viene divisa per tre.
Strumenti correlati
Per sviluppatori — accesso via API
Tutto quello che vedi in questa pagina è disponibile anche via API. Questa sezione è per i team che vogliono integrarlo nei propri sistemi; chi non ne ha bisogno può semplicemente usare lo strumento qui sopra.
Endpoint
Autenticazione con Bearer token: un POST mette in coda l'attività e il risultato arriva via webhook o link firmato.
Chiamala dal tuo stack
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"method" => "POST",
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req, _ := http.NewRequest("POST", "https://api.kit.forhosting.com/bio/mrna-to-protein-length", body)
req.Header.Set("Authorization", "Bearer "+os.Getenv("KIT_KEY"))
req.Header.Set("Content-Type", "application/json")
res, _ := http.DefaultClient.Do(req)Esempio di richiesta
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}Esempio di risposta
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"task_id": "tsk_a1b2c3d4e5f6a1b2c3d4e5f6",
"type": "bio.mrna_to_protein_length",
"status": "queued",
"_links": {
"result": "/tasks/tsk_…/result"
}
}L'API è asincrona: ricevi subito un task_id e puoi fare polling fino a 1 richiesta al secondo.
Prezzi
Prezzo pubblicato, senza token né crediti. Se l'attività fallisce, non paghi.
Limiti
max_nt | 3000000 |
Errori
| HTTP | Codice | Significato |
|---|---|---|
401 | unauthorized | Chiave API mancante o non valida: controlla l'header Authorization. |
402 | insufficient_balance | Credito esaurito: ricarica per continuare a eseguire attività. |
404 | unknown_type | Tipo di attività sconosciuto: controlla il campo type della richiesta. |
429 | rate_limited | Troppe richieste in poco tempo: rallenta e riprova tra qualche secondo. |
Note tecniche
Lo stesso modulo deterministico alimenta l'esecutore gratuito del browser e l'API, così i controlli dei compiti e gli script di annotazione non divergono mai sul fatto che una sequenza codificante di 300 nucleotidi produca 99 residui oppure 100.
Contratto di ingresso, forma della risposta e comportamento in errore
Quando dispone già del quadro di lettura aperto compreso lo stop, invii solo quel numero. Dopo la sottrazione la lunghezza codificante deve essere di almeno sei nucleotidi e un multiplo di tre — altrimenti la richiesta è rifiutata anziché arrotondata in silenzio, perché un resto di una o due basi è uno slittamento di quadro o un quadro troncato, non una proteina più corta. Quei fallimenti non sono fatturati. Abbini l'intero al proprio visualizzatore di sequenze se le servono i residui scritti; questa estremità risolve solo la lunghezza e non emette una traduzione a una lettera. Invii un corpo JSON con l'intero obbligatorio mrna_length (alias nt, nucleotides, length, mrna_nt): la lunghezza dell'mRNA in nucleotidi, da 6 a 3,000,000. I campi facoltativi utr5_length e utr3_length (alias utr5, five_prime_utr e utr3, three_prime_utr) valgono zero per impostazione predefinita e vengono sottratti prima della divisione così da ridurre un transcritto intero alla sequenza codificante. Ciascun campo può arrivare come intero JSON o come stringa di cifre; mrna_length assente, stringhe vuote, non interi e valori fuori dall'intervallo pubblicato falliscono con invalid_input indicando il campo. In caso di successo il corpo ripete mrna_length, utr5_length e utr3_length, riporta coding_length e codon_count, imposta stop_codons_excluded a uno e restituisce protein_length come conteggio di amminoacidi. formula ribadisce protein_aa = (coding_nt / 3) - 1; formula_applied sostituisce i numeri di questa chiamata. Esempio: mrna_length 300 produce coding_length 300, codon_count 100 e protein_length 99. Le stesse entrate con utr5_length 50 e utr3_length 100 su un mRNA di 450 nucleotidi danno la stessa proteina di 99 residui perché restano in quadro solo 300 basi.
Dove un calcolatore di lunghezza della proteina da mRNA merita il proprio posto
Gli script di annotazione genomica e gli scanner di ORF spesso conoscono la lunghezza di un transcritto o di una sequenza codificante prima di avere la catena peptidica; chiamare una piccola API di parse converte quella lunghezza nel conteggio di residui atteso che possono fissare a fronte del FASTA tradotto. Poiché l'implementazione è parse puro di livello A, ogni chiamata riuscita costa la tariffa base pubblicata $0.002 senza gettoni di modello né rete in uscita. Tenga le lunghezze entro il tetto di nucleotidi dichiarato, fissi protein_length e formula_applied nei test e otterrà risposte riproducibili di 99 residui per una sequenza codificante di 300 basi in compiti, estensioni LMS e condotte di annotazione senza erigere una tabella di traduzione.
Casi di integrazione
Controlli scolastici di (n / 3) − 1
Gli studenti inseriscono la lunghezza di un mRNA o di una sequenza codificante e confrontano il protein_length restituito con un conteggio di residui senza stop fatto a mano prima della relazione di laboratorio.
Oracoli d'esame e fixture di kata di codice
I correttori fissano protein_length per i multipli di tre e invalid_input per le lunghezze con slittamento di quadro che non sono divisibili per tre.
Domande tecniche
Come si converte una lunghezza di mRNA in lunghezza di proteina in amminoacidi?
Invii mrna_length in nucleotidi (sottragga le UTR se lo desidera con utr5_length e utr3_length). L'API restituisce protein_length = (coding_length / 3) − 1, escludendo il codone di stop.
Quanto costa il calcolatore di lunghezza della proteina da mRNA?
Lo strumento del browser è gratuito. Le richieste API usano saldo prepagato a $0.002 per chiamata riuscita; l'ingresso non valido non è fatturato.