Comprimento de proteína pelo RNAm
Saiba o tamanho da proteína só pelo mensageiro: uma sequência codificante de 300 nucleotídeos tem 100 códons e gera uma proteína de 99 aminoácidos, porque o códon de parada não acrescenta resíduo. Grátis no seu navegador.
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Exemplo resolvido
- Comprimento do mRNA
- 300
- Comprimento da UTR5
- 0
- Comprimento da UTR3
- 0
- Comprimento codificante
- 300
- Número de códons
- 100
Uma calculadora de comprimento de proteína a partir do RNAm converte a extensão em nucleotídeos de um RNA mensageiro no número de aminoácidos do polipeptídeo que ele codifica, depois de excluir o códon de stop que não especifica resíduo. Os ribossomos leem a sequência codificante em tripletes sem sobreposição: cada códon, salvo o terminal de parada, vira um aminoácido, e o de início conta como metionina ou formilmetionina. Informe o comprimento do RNAm em nucleotídeos e, se souber, os comprimentos das regiões não traduzidas 5' e 3' para que só o quadro aberto de leitura seja dividido por três.
Por que o comprimento da proteína é nucleotídeos codificantes dividido por três, menos o stop
O código genético é lido em tripletes sem sobreposição. O RNA mensageiro é varrido a partir de um códon de início, quase sempre AUG, até o primeiro códon de stop no quadro (UAA, UAG ou UGA). Cada códon entre esses extremos especifica um aminoácido; o de terminação recruta o fator de liberação e não acrescenta resíduo.
Portanto o comprimento da proteína em aminoácidos é o número de códons do quadro aberto de leitura menos um. De modo equivalente, se L é o comprimento da sequência codificante em nucleotídeos incluindo o stop, o comprimento proteico é (L / 3) − 1. Uma sequência codificante de 300 nucleotídeos são 100 códons e codifica 99 aminoácidos; uma de 900 nucleotídeos codifica 299 aminoácidos.
O códon de início entra na conta: ele codifica metionina, ou N-formilmetionina em sistemas bacterianos e organelas, então é um resíduo real no N-terminal mesmo quando depois é clivado. Regiões não traduzidas não se dividem por três. Um RNAm eucariótico maduro costuma trazer um cap 5', uma UTR 5', a sequência codificante, uma UTR 3' e uma cauda poli(A).
Só o quadro aberto de leitura é traduzido. Se você colar o comprimento do transcrito inteiro sem subtrair as UTR, conta a mais um aminoácido a cada três nucleotídeos não traduzidos. Esta calculadora subtrai primeiro os comprimentos opcionais das UTR 5' e 3' e depois exige que o comprimento codificante restante seja um múltiplo positivo de três e de pelo menos seis nucleotídeos (um códon de início mais um de stop).
Ela não traduz uma sequência letra a letra, não prevê sítios de início alternativos nem modela desvios de quadro ou recodificação por selenocisteína. Responde à pergunta de livro e de anotação: dado este comprimento de RNAm, qual é o tamanho da proteína codificada depois de excluir o códon de stop?
Onde uma calculadora de comprimento de proteína a partir do RNAm justifica o uso
Salas de biologia e plataformas de tutoria usam uma calculadora de comprimento de proteína a partir do RNAm para que os aprendizes confiram a ficha clássica (n / 3) − 1 sem esquecer de tirar o códon de stop nem tratar por engano o de início como não codificante. Geradores de preparação para provas precisam de um oráculo determinístico que recuse um comprimento não divisível por três em vez de cortar em silêncio um desvio de quadro que um corretor defeituoso poderia aceitar. A validação falha não consome saldo.
Buscas de estimativas de resíduos a partir da massa molecular ou de tradução códon a códon são intenções diferentes: fique nesta página quando a entrada for um comprimento de RNAm em nucleotídeos e a saída a contagem de aminoácidos depois de excluir o stop.
Casos de uso
Checagens de sanidade na anotação de ORF
Pipelines que conhecem o comprimento do transcrito e o tamanho das UTR confirmam a contagem esperada de aminoácidos antes de gravar o peptídeo traduzido.
Perguntas frequentes
Por que o códon de stop é subtraído?
Códons de stop (UAA, UAG, UGA) encerram a tradução e não codificam um aminoácido. Uma sequência codificante de 100 códons rende portanto 99 resíduos, não 100.
O códon de início conta como aminoácido?
Sim. AUG codifica metionina (ou N-formilmetionina em bactérias).
E se o comprimento do RNAm não for divisível por três?
Um resto de um ou dois nucleotídeos não é um conjunto completo de códons, então a calculadora não inventa um comprimento de proteína arredondado.
Quantos aminoácidos um mRNA de 300 nucleotídeos codifica?
Codifica 99 aminoácidos se os 300 nucleotídeos forem sequência codificante. Dividindo por três dá 100 códons, e o códon de parada final é descontado porque não acrescenta resíduo.
Devo incluir as regiões não traduzidas no comprimento?
Informe o comprimento total do mRNA e, se souber, os comprimentos das regiões não traduzidas 5' e 3'. Elas são subtraídas antes, então só a fase de leitura aberta é dividida por três.
Ferramentas relacionadas
Para desenvolvedores — acesso via API
Tudo nesta página está disponível via API. Esta seção é para equipes que querem integrar a ferramenta aos próprios sistemas; quem não precisa disso pode simplesmente usar a ferramenta acima.
Endpoint
Autenticação por token Bearer. Um único POST coloca a tarefa na fila; o resultado chega por webhook ou link assinado.
Chame do seu código
curl -X POST https://api.kit.forhosting.com/bio/mrna-to-protein-length \
-H "Authorization: Bearer $KIT_KEY" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d '{"mrna_length":300}'const res = await fetch("https://api.kit.forhosting.com/bio/mrna-to-protein-length", {
method: "POST",
headers: {
"Authorization": `Bearer ${process.env.KIT_KEY}`,
"Content-Type": "application/json"
},
body: JSON.stringify({
"mrna_length": 300
})
});
const { task_id } = await res.json();import os, requests
res = requests.post(
"https://api.kit.forhosting.com/bio/mrna-to-protein-length",
headers={"Authorization": f"Bearer {os.environ['KIT_KEY']}"},
json={
"mrna_length": 300
},
)
task_id = res.json()["task_id"]<?php
$res = file_get_contents("https://api.kit.forhosting.com/bio/mrna-to-protein-length", false, stream_context_create([
"http" => [
"method" => "POST",
"header" => "Authorization: Bearer " . getenv("KIT_KEY") . "\r\nContent-Type: application/json",
"content" => '{"mrna_length":300}',
],
]));
$task = json_decode($res, true);body := bytes.NewBufferString(`{"mrna_length":300}`)
req, _ := http.NewRequest("POST", "https://api.kit.forhosting.com/bio/mrna-to-protein-length", body)
req.Header.Set("Authorization", "Bearer "+os.Getenv("KIT_KEY"))
req.Header.Set("Content-Type", "application/json")
res, _ := http.DefaultClient.Do(req)Exemplo de requisição
{
"mrna_length": 300
}Exemplo de resposta
{
"task_id": "tsk_a1b2c3d4e5f6a1b2c3d4e5f6",
"type": "bio.mrna_to_protein_length",
"status": "queued",
"_links": {
"result": "/tasks/tsk_…/result"
}
}A API é assíncrona: cada chamada devolve um task_id na hora. Se preferir polling, consulte o status a até 1 requisição por segundo.
Preço
Preço publicado, sem tokens nem créditos escondidos. Tarefa que falha não é cobrada.
Limites
max_nt | 3000000 |
Erros
| HTTP | Código | O que significa |
|---|---|---|
401 | unauthorized | Token ausente ou inválido. Confira o header Authorization. |
402 | insufficient_balance | Saldo insuficiente para esta tarefa. Faça uma recarga e tente de novo. |
404 | unknown_type | Esse tipo de tarefa não existe. Confira o campo type no catálogo. |
429 | rate_limited | Muitas requisições em pouco tempo. Espere um instante e tente de novo. |
Notas técnicas
O mesmo módulo determinístico alimenta o executor gratuito do navegador e a API, de modo que checagens de lição de casa e scripts de anotação nunca discordam se uma sequência codificante de 300 nucleotídeos rende 99 resíduos ou 100.
Contrato de entrada, forma da resposta e comportamento de erro
Quando você já tem o quadro aberto de leitura incluindo o stop, envie só esse número. Depois da subtração, o comprimento codificante deve ter pelo menos seis nucleotídeos e ser múltiplo de três — caso contrário o pedido é recusado em vez de arredondar em silêncio, porque um resto de uma ou duas bases é um desvio de quadro ou um quadro truncado, não uma proteína mais curta. Essas falhas não são cobradas. Emparelhe o inteiro com o seu próprio visualizador de sequência se precisar dos resíduos escritos; este extremo resolve só o comprimento e não emite uma tradução de uma letra. Envie um corpo JSON com o inteiro obrigatório mrna_length (apelidos nt, nucleotides, length, mrna_nt): o comprimento do RNAm em nucleotídeos, de 6 a 3,000,000. Os opcionais utr5_length e utr3_length (apelidos utr5, five_prime_utr e utr3, three_prime_utr) valem zero por padrão e são subtraídos antes da divisão para reduzir um transcrito completo à sequência codificante. Cada campo pode chegar como inteiro JSON ou como cadeia de dígitos; mrna_length ausente, cadeias vazias, não inteiros e valores fora da faixa publicada falham com invalid_input nomeando o campo. Em caso de sucesso o corpo ecoa mrna_length, utr5_length e utr3_length, informa coding_length e codon_count, define stop_codons_excluded como um e devolve protein_length como a contagem de aminoácidos. formula reitera protein_aa = (coding_nt / 3) - 1; formula_applied substitui os números desta chamada. Exemplo: mrna_length 300 produz coding_length 300, codon_count 100 e protein_length 99. As mesmas entradas com utr5_length 50 e utr3_length 100 em um RNAm de 450 nucleotídeos geram a mesma proteína de 99 resíduos porque só restam 300 bases no quadro.
Onde uma calculadora de comprimento de proteína a partir do RNAm justifica o uso
Scripts de anotação genômica e varredores de ORF muitas vezes conhecem o comprimento de um transcrito ou de uma sequência codificante antes de ter a cadeia peptídica; chamar uma API de parse pequena converte esse comprimento na contagem de resíduos esperada que eles podem fixar diante do FASTA traduzido. Como a implementação é parse puro de nível A, cada chamada bem-sucedida custa o preço-base publicado US$ 0,002 sem tokens de modelo e sem rede de saída. Mantenha os comprimentos dentro do teto de nucleotídeos declarado, fixe protein_length e formula_applied nos testes e você obtém respostas reproduzíveis de 99 resíduos para uma sequência codificante de 300 bases em lição de casa, plugins LMS e pipelines de anotação sem levantar uma tabela de tradução.
Casos de integração
Checagens escolares de (n / 3) − 1
Os alunos informam o comprimento de um RNAm ou de uma sequência codificante e comparam o protein_length devolvido com uma contagem de resíduos sem stop feita à mão antes do relatório de laboratório.
Oráculos de prova e fixações de kata de código
Corretores fixam protein_length para múltiplos de três e invalid_input para comprimentos com desvio de quadro que não são divisíveis por três.
Perguntas técnicas
Como converter um comprimento de RNAm em comprimento de proteína em aminoácidos?
Envie mrna_length em nucleotídeos (subtraia as UTR se quiser com utr5_length e utr3_length). A API devolve protein_length = (coding_length / 3) − 1, excluindo o códon de stop.
Quanto custa a calculadora de comprimento de proteína a partir do RNAm?
A ferramenta do navegador é gratuita. Pedidos API usam saldo pré-pago a US$ 0,002 por chamada bem-sucedida; entrada inválida não é cobrada.