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mRNAからタンパク質長

mRNAの長さだけでタンパク質の長さが分かります。300塩基のコード配列には100個のコドンがあり、終止コドンはアミノ酸を加えないため、タンパク質は99アミノ酸になります。ブラウザで無料で使えます。

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計算例

入力した場合

mRNAの長さ: 300

結果

UTR5の長さ: 0
UTR3の長さ: 0
コード領域の長さ: 300
コドン数: 100

mRNAからタンパク質長を求める計算は、伝令RNAのヌクレオチド長を、それがコードするポリペプチドのアミノ酸数へ変換し、残基を指定しない終止コドンを除きます。リボソームはコード配列を重ならない三つ組で読みます。末端の終止以外の各コドンは一つのアミノ酸になり、開始コドンはメチオニンまたはホルミルメチオニンとして数えます。mRNAの長さをヌクレオチドで入力し、分かれば 5' と 3' の非翻訳領域の長さも入れて、オープンリーディングフレームだけを三で割るようにしてください。

タンパク質長がコードヌクレオチドを三で割って終止を引く理由

遺伝暗号は重ならない三つ組で読まれます。伝令RNAは開始コドン（ほとんど常に AUG）から、枠内の最初の終止コドン（UAA、UAG、または UGA）まで走査されます。その両端の間の各コドンは一つのアミノ酸を指定し、終止コドンは放出因子を呼び残基を加えません。

したがってアミノ酸でのタンパク質長は、オープンリーディングフレーム内のコドン数から一を引いた値です。同じこととして、L を終止を含むコード配列のヌクレオチド長とすると、タンパク質長は (L / 3) − 1 です。300ヌクレオチドのコード配列は 100コドンで 99アミノ酸をコードし、900ヌクレオチドのコード配列は 299アミノ酸をコードします。

開始コドンは数えます。メチオニン、細菌および細胞小器官では N-ホルミルメチオニンをコードするため、後で切断されても N末端の実在の残基です。非翻訳領域は三では割りません。成熟した真核生物の mRNA は普通、5' キャップ、5' UTR、コード配列、3' UTR、ポリ(A)尾部を持ちます。

翻訳されるのはオープンリーディングフレームだけです。UTR を引かずに全転写産物の長さを貼ると、翻訳されない三ヌクレオチドごとにアミノ酸を一つ多く数えます。本計算はまず任意の 5' および 3' UTR 長を引き、残ったコード長が三の正の倍数かつ少なくとも六ヌクレオチド（開始コドン一つと終止コドン一つ）であることを求めます。

配列を一字ずつ翻訳せず、代替開始部位を予測せず、フレームシフトやセレノシステイン再符号化もモデル化しません。教科書と注釈の問いに答えます。この mRNA 長のとき、終止コドンを除いたあとのコードされるタンパク質はどれほど長いか。

入力契約、応答の形、誤りの扱い

mRNA のヌクレオチド長で、6 から 3,000,000 です。終止を含むオープンリーディングフレームがすでにあるときは、その数だけを送ってください。引き算のあと、コード長は少なくとも六ヌクレオチドかつ三の倍数でなければなりません。

そうでなければ黙って丸めず拒否します。一または二塩基の余りはフレームシフトまたは切れた読み枠であり、短いタンパク質ではないからです。それらの失敗は課金されません。

残基を書き出したい場合は整数を独自の配列閲覧と組み合わせてください。この端点は長さだけを解き、一文字翻訳は出しません。

mRNAからタンパク質長を求める計算が役立つ場面

生物学の教室や個別指導の基盤は、学習者が終止コドンを落とすのを忘れたり開始コドンを非コードと誤って扱ったりせずに、定番の (n / 3) − 1 の用紙を確認できるよう、mRNAからタンパク質長を求める計算を使います。

試験対策の生成器は、三で割り切れない長さを黙って切り下げて壊れた採点が受け入れるようなフレームシフトにせず、拒否する決定的な神託を必要とします。mRNAからタンパク質長を求める計算で順位を取る内容サイトは、無料ブラウザ経路と前払い自動化経路が同じ純モジュールで一致するライブ部品の恩恵を受けます。検証失敗は残高を消費しません。

分子量から残基を見積もる検索やコドンごとの翻訳は別意図です。入力が mRNA のヌクレオチド長で、出力が終止を除いたあとのアミノ酸数であるときは、この頁に留まってください。

活用例

ORF注釈の妥当性確認

転写産物の長さと UTR の大きさを知る配管は、翻訳ペプチドを保存する前に期待アミノ酸数を確かめます。

よくある質問

なぜ終止コドンを引くのですか？

終止コドン（UAA、UAG、UGA）は翻訳を終わらせ、アミノ酸をコードしません。100コドンのコード配列はしたがって 99残基になり、100にはなりません。

開始コドンはアミノ酸として数えますか？

はい。 AUG はメチオニン（細菌では N-ホルミルメチオニン）をコードします。

mRNAの長さが三で割り切れない場合はどうなりますか？

一または二ヌクレオチドの余りは完全なコドン集合ではないため、計算は丸めたタンパク質長を作りません。

300塩基のmRNAは何個のアミノ酸をコードしますか？

300塩基すべてがコード配列なら99個です。3で割ると100コドンになり、最後の終止コドンはアミノ酸を加えないため除きます。

非翻訳領域も長さに含めるべきですか？

mRNA全体の長さを入力し、分かれば5'側と3'側の非翻訳領域の長さも入力してください。先にそれらを差し引くので、3で割られるのはオープンリーディングフレームだけです。

開発者向け — APIアクセス

このページの機能はすべてAPIからも利用できます。自社システムに組み込みたいチーム向けのセクションです。それ以外の方は上のツールをそのままお使いください。

エンドポイント

POSThttps://api.kit.forhosting.com/bio/mrna-to-protein-length

Bearerトークンで認証し、POST1回でタスクをキューに登録します。結果はWebhookまたは署名付きリンクで受け取れます。

お使いのスタックから呼び出す

curl -X POST https://api.kit.forhosting.com/bio/mrna-to-protein-length \
  -H "Authorization: Bearer $KIT_KEY" \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"mrna_length":300}'

const res = await fetch("https://api.kit.forhosting.com/bio/mrna-to-protein-length", {
  method: "POST",
  headers: {
    "Authorization": `Bearer ${process.env.KIT_KEY}`,
    "Content-Type": "application/json"
  },
  body: JSON.stringify({
    "mrna_length": 300
  })
});
const { task_id } = await res.json();

import os, requests

res = requests.post(
    "https://api.kit.forhosting.com/bio/mrna-to-protein-length",
    headers={"Authorization": f"Bearer {os.environ['KIT_KEY']}"},
    json={
    "mrna_length": 300
},
)
task_id = res.json()["task_id"]

<?php
$res = file_get_contents("https://api.kit.forhosting.com/bio/mrna-to-protein-length", false, stream_context_create([
  "http" => [
    "method"  => "POST",
    "header"  => "Authorization: Bearer " . getenv("KIT_KEY") . "\r\nContent-Type: application/json",
    "content" => '{"mrna_length":300}',
  ],
]));
$task = json_decode($res, true);

body := bytes.NewBufferString(`{"mrna_length":300}`)
req, _ := http.NewRequest("POST", "https://api.kit.forhosting.com/bio/mrna-to-protein-length", body)
req.Header.Set("Authorization", "Bearer "+os.Getenv("KIT_KEY"))
req.Header.Set("Content-Type", "application/json")
res, _ := http.DefaultClient.Do(req)

リクエスト例

{
  "mrna_length": 300
}

レスポンス例

{
  "task_id": "tsk_a1b2c3d4e5f6a1b2c3d4e5f6",
  "type": "bio.mrna_to_protein_length",
  "status": "queued",
  "_links": {
    "result": "/tasks/tsk_…/result"
  }
}

非同期APIです。task_idは即時に返ります。ポーリングは1秒あたり1リクエストまでです。

料金

1リクエストあたり$0.002

単価はすべて公開しています。トークン換算や独自クレジットはありません。失敗したタスクは課金されません。

制限

max_nt 3000000

エラー

HTTP	コード	意味
`401`	`unauthorized`	APIキーが無効か、指定されていません。Authorizationヘッダーを確認してください。
`402`	`insufficient_balance`	残高が不足しています。チャージ後に再度お試しください。
`404`	`unknown_type`	指定されたタスクタイプは存在しません。タイプ名を確認してください。
`429`	`rate_limited`	リクエストが多すぎます。しばらく待ってから再度お試しください。

技術的な注記

同じ決定的モジュールが無料のブラウザ実行とAPIを動かすため、宿題の確認と注釈スクリプトが、300ヌクレオチドのコード配列が 99残基か 100残基かで食い違うことはありません。

入力契約、応答の形、誤りの扱い

必須の整数 mrna_length（別名 nt、nucleotides、length、mrna_nt）を含む JSON 本体を送ってください。任意の utr5_length と utr3_length（別名 utr5、five_prime_utr および utr3、three_prime_utr）は既定がゼロで、割り算の前に引かれるので、全長転写産物をコード配列へ落とせます。各欄は JSON 整数でも数字の文字列でもよく、mrna_length の欠落、空文字、非整数、公表範囲外の値は欄名付きの invalid_input で失敗します。成功時は mrna_length、utr5_length、utr3_length を返し、coding_length と codon_count を知らせ、stop_codons_excluded を一にし、アミノ酸数として protein_length を返します。formula は protein_aa = (coding_nt / 3) - 1 を再掲し、formula_applied はこの呼び出しの数を代入します。例：mrna_length が 300 なら coding_length は 300、codon_count は 100、protein_length は 99 です。同じ入力で utr5_length 50、utr3_length 100、mRNA 450ヌクレオチドなら、枠に残るのは 300塩基だけなので同じ 99残基のタンパク質になります。

mRNAからタンパク質長を求める計算が役立つ場面

ゲノム注釈の脚本や ORF 走査は、ペプチド文字列を持つ前に転写産物やコード配列の長さを知っていることが多く、小さな parse API を呼べば、その長さを翻訳 FASTA に突き合わせられる期待残基数へ変換できます。実装は純粋な parse の段階 A なので、成功した呼び出しは毎回公表の基本料金 $0.002 で、モデルトークンも外向き通信もありません。長さを宣言されたヌクレオチド上限内に保ち、protein_length と formula_applied を試験に固定すれば、宿題・LMS 拡張・注釈配管向けに、300塩基のコード配列に対する再現可能な 99残基の答えが、翻訳表を立てずに得られます。

連携の活用例

教室での (n / 3) − 1 の確認

学習者は mRNA またはコード配列の長さを入れ、返された protein_length を、実験レポートの前に手計算した終止除外の残基数と見比べます。

試験の神託とコード型の固定値

採点は三の倍数に protein_length を固定し、三で割り切れないフレームシフト長には invalid_input を固定します。

技術的な質問

mRNAの長さをアミノ酸でのタンパク質長へどう換算しますか。

ヌクレオチドの mrna_length を送ってください（必要なら utr5_length と utr3_length で UTR を引きます）。API は終止コドンを除いた protein_length = (coding_length / 3) − 1 を返します。

mRNAからタンパク質長を求める計算の料金はいくらですか。

ブラウザの道具は無料です。API 要求は成功した呼び出しごとに前払い残高から $0.002 です。無効な入力は課金されません。

KITの完全なドキュメントを見る →

mRNAからタンパク質長

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タンパク質長がコードヌクレオチドを三で割って終止を引く理由

入力契約、応答の形、誤りの扱い

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ORF注釈の妥当性確認

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関連ツール

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エンドポイント

お使いのスタックから呼び出す

リクエスト例

レスポンス例

料金

制限

エラー

技術的な注記

入力契約、応答の形、誤りの扱い

mRNAからタンパク質長を求める計算が役立つ場面

連携の活用例

教室での (n / 3) − 1 の確認

試験の神託とコード型の固定値

技術的な質問

ありがとう