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Longueur de protéine depuis l'ARNm

Connaissez la taille de la protéine à partir du seul messager : une séquence codante de 300 nucléotides compte 100 codons et donne une protéine de 99 acides aminés, car le codon stop n'ajoute aucun résidu. Gratuit dans votre navigateur.

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Exemple résolu

Si vous saisissez

Longueur de l'ARNm: 300

Vous obtenez

Longueur de l'UTR5: 0
Longueur de l'UTR3: 0
Longueur codante: 300
Nombre de codons: 100

Un calculateur de longueur de protéine depuis l'ARNm convertit la longueur en nucléotides d'un ARN messager en le nombre d'acides aminés du polypeptide qu'il code, après exclusion du codon stop qui ne spécifie aucun résidu. Les ribosomes lisent la séquence codante par triplets non chevauchants : chaque codon sauf le stop terminal devient un acide aminé, et le codon d'initiation compte comme méthionine ou formylméthionine. Saisissez la longueur de l'ARNm en nucléotides et, si vous les connaissez, les longueurs des régions non traduites 5' et 3' afin que seul le cadre ouvert de lecture soit divisé par trois.

Pourquoi la longueur de la protéine est les nucléotides codants divisés par trois, moins le stop

Le code génétique se lit par triplets non chevauchants. L'ARN messager est parcouru depuis un codon d'initiation, presque toujours AUG, jusqu'au premier codon stop dans le cadre (UAA, UAG ou UGA). Chaque codon entre ces extrémités spécifie un acide aminé ; le codon de terminaison recrute le facteur de relargage et n'ajoute aucun résidu.

La longueur de la protéine en acides aminés est donc le nombre de codons du cadre ouvert de lecture moins un. De façon équivalente, si L est la longueur de la séquence codante en nucléotides y compris le stop, la longueur protéique vaut (L / 3) − 1. Une séquence codante de 300 nucléotides représente 100 codons et code 99 acides aminés ; une séquence de 900 nucléotides en code 299.

Le codon d'initiation est compté : il code la méthionine, ou la N-formylméthionine dans les systèmes bactériens et organites, c'est donc un vrai résidu à l'extrémité N-terminale même s'il est ensuite clivé. Les régions non traduites ne se divisent pas par trois. Un ARNm eucaryote mature porte en général une coiffe 5', une UTR 5', la séquence codante, une UTR 3' et une queue poly(A).

Seul le cadre ouvert de lecture est traduit. Si vous collez la longueur du transcrit entier sans retrancher les UTR, vous comptez un acide aminé de trop pour trois nucléotides non traduits. Ce calculateur retranche d'abord les longueurs facultatives des UTR 5' et 3', puis exige que la longueur codante restante soit un multiple positif de trois et d'au moins six nucléotides (un codon d'initiation plus un codon stop).

Il ne traduit pas une séquence lettre à lettre, ne prédit pas les sites d'initiation alternatifs et ne modélise ni décalages de cadre ni recodage à la sélénocystéine. Il répond à la question de manuel et d'annotation : pour cette longueur d'ARNm, quelle est la taille de la protéine codée une fois le codon stop exclu ?

Où un calculateur de longueur de protéine depuis l'ARNm justifie son usage

Les salles de biologie et les plateformes de tutorat utilisent un calculateur de longueur de protéine depuis l'ARNm pour que les apprenants vérifient la fiche classique (n / 3) − 1 sans oublier de retirer le codon stop ni traiter par erreur le codon d'initiation comme non codant. Les générateurs de préparation d'examen ont besoin d'un oracle déterministe qui refuse une longueur non divisible par trois au lieu d'écrêter en silence un décalage de cadre qu'un correcteur défectueux pourrait accepter. Une validation en échec ne consomme pas le solde.

Les recherches d'estimations de résidus à partir de la masse moléculaire ou d'une traduction codon par codon sont d'autres intentions : restez sur cette page lorsque l'entrée est une longueur d'ARNm en nucléotides et la sortie le nombre d'acides aminés après exclusion du stop.

Cas d’usage

Contrôles de cohérence à l'annotation d'ORF

Les pipelines qui connaissent la longueur du transcrit et la taille des UTR confirment le nombre d'acides aminés attendu avant d'enregistrer le peptide traduit.

Questions fréquentes

Pourquoi retranche-t-on le codon stop ?

Les codons stop (UAA, UAG, UGA) terminent la traduction et ne codent pas un acide aminé. Une séquence codante de 100 codons donne donc 99 résidus, et non 100.

Le codon d'initiation compte-t-il comme acide aminé ?

Oui. AUG code la méthionine (ou la N-formylméthionine chez les bactéries).

Que se passe-t-il si la longueur de l'ARNm n'est pas divisible par trois ?

Un reste d'un ou deux nucléotides n'est pas un jeu complet de codons, aussi le calculateur n'inventera pas une longueur de protéine arrondie.

Combien d'acides aminés code un ARNm de 300 nucléotides ?

Il code 99 acides aminés si les 300 nucléotides sont codants. En divisant par trois, on obtient 100 codons, et le codon stop final est retiré car il n'ajoute aucun résidu.

Faut-il inclure les régions non traduites dans la longueur ?

Saisissez la longueur totale de l'ARNm et, si vous les connaissez, celles des régions non traduites 5' et 3'. Elles sont retirées d'abord, si bien que seul le cadre ouvert de lecture est divisé par trois.

Outils associés

Pour les développeurs — accès API

Tout sur cette page est disponible par programmation. Cette section s'adresse aux équipes qui veulent l'intégrer à leurs systèmes ; les autres peuvent simplement utiliser l'outil ci-dessus.

Endpoint

POSThttps://api.kit.forhosting.com/bio/mrna-to-protein-length

Authentification par jeton Bearer : un seul POST met la tâche en file d’attente, et le résultat vous parvient par webhook ou lien signé.

Appeler depuis votre stack

curl -X POST https://api.kit.forhosting.com/bio/mrna-to-protein-length \
  -H "Authorization: Bearer $KIT_KEY" \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"mrna_length":300}'

const res = await fetch("https://api.kit.forhosting.com/bio/mrna-to-protein-length", {
  method: "POST",
  headers: {
    "Authorization": `Bearer ${process.env.KIT_KEY}`,
    "Content-Type": "application/json"
  },
  body: JSON.stringify({
    "mrna_length": 300
  })
});
const { task_id } = await res.json();

import os, requests

res = requests.post(
    "https://api.kit.forhosting.com/bio/mrna-to-protein-length",
    headers={"Authorization": f"Bearer {os.environ['KIT_KEY']}"},
    json={
    "mrna_length": 300
},
)
task_id = res.json()["task_id"]

<?php
$res = file_get_contents("https://api.kit.forhosting.com/bio/mrna-to-protein-length", false, stream_context_create([
  "http" => [
    "method"  => "POST",
    "header"  => "Authorization: Bearer " . getenv("KIT_KEY") . "\r\nContent-Type: application/json",
    "content" => '{"mrna_length":300}',
  ],
]));
$task = json_decode($res, true);

body := bytes.NewBufferString(`{"mrna_length":300}`)
req, _ := http.NewRequest("POST", "https://api.kit.forhosting.com/bio/mrna-to-protein-length", body)
req.Header.Set("Authorization", "Bearer "+os.Getenv("KIT_KEY"))
req.Header.Set("Content-Type", "application/json")
res, _ := http.DefaultClient.Do(req)

Exemple de requête

{
  "mrna_length": 300
}

Exemple de réponse

{
  "task_id": "tsk_a1b2c3d4e5f6a1b2c3d4e5f6",
  "type": "bio.mrna_to_protein_length",
  "status": "queued",
  "_links": {
    "result": "/tasks/tsk_…/result"
  }
}

L’API est asynchrone : chaque appel renvoie un task_id immédiatement, puis vous interrogez l’état à raison d’une requête par seconde.

Tarifs

par requête$0.002

Le prix est publié, sans tokens ni crédits. Une tâche qui échoue n’est pas facturée.

Limites

max_nt 3000000

Erreurs

HTTP	Code	Signification
`401`	`unauthorized`	Clé API absente ou invalide : vérifiez l’en-tête Authorization.
`402`	`insufficient_balance`	Solde insuffisant : rechargez votre compte pour lancer cette tâche.
`404`	`unknown_type`	Type de tâche inconnu : vérifiez le champ type de votre requête.
`429`	`rate_limited`	Trop de requêtes : ralentissez la cadence, puis réessayez.

Notes techniques

Le même module déterministe alimente l'exécuteur gratuit du navigateur et l'API, de sorte que les vérifications de devoirs et les scripts d'annotation ne divergent jamais sur le fait qu'une séquence codante de 300 nucléotides donne 99 résidus ou 100.

Contrat d'entrée, forme de la réponse et comportement d'erreur

Lorsque vous disposez déjà du cadre ouvert de lecture y compris le stop, envoyez ce nombre seul. Après soustraction, la longueur codante doit faire au moins six nucléotides et être un multiple de trois — sinon la requête est rejetée plutôt que arrondie en silence, car un reste d'une ou deux bases est un décalage de cadre ou un cadre tronqué, non une protéine plus courte. Ces échecs ne sont pas facturés. Associez l'entier à votre propre visualiseur de séquence si vous avez besoin des résidus écrits ; ce point d'accès ne résout que la longueur et n'émet pas une traduction à une lettre. Envoyez un corps JSON avec l'entier obligatoire mrna_length (alias nt, nucleotides, length, mrna_nt) : la longueur de l'ARNm en nucléotides, de 6 à 3,000,000. Les champs facultatifs utr5_length et utr3_length (alias utr5, five_prime_utr et utr3, three_prime_utr) valent zéro par défaut et sont retranchés avant la division afin de ramener un transcrit entier à la séquence codante. Chaque champ peut arriver comme entier JSON ou comme chaîne de chiffres ; l'absence de mrna_length, les chaînes vides, les non-entiers et les valeurs hors de la plage publiée échouent avec invalid_input en nommant le champ. En cas de succès le corps répète mrna_length, utr5_length et utr3_length, indique coding_length et codon_count, fixe stop_codons_excluded à un et renvoie protein_length comme le nombre d'acides aminés. formula rappelle protein_aa = (coding_nt / 3) - 1 ; formula_applied substitue les nombres de cet appel. Exemple : mrna_length 300 donne coding_length 300, codon_count 100 et protein_length 99. Les mêmes entrées avec utr5_length 50 et utr3_length 100 sur un ARNm de 450 nucléotides produisent la même protéine de 99 résidus parce que seules 300 bases restent dans le cadre.

Où un calculateur de longueur de protéine depuis l'ARNm justifie son usage

Les scripts d'annotation génomique et les scanneurs d'ORF connaissent souvent la longueur d'un transcrit ou d'une séquence codante avant d'avoir la chaîne peptidique ; appeler une petite API de parse convertit cette longueur en un nombre de résidus attendu qu'ils peuvent figer face au FASTA traduit. Comme l'implémentation est du parse pur de niveau A, chaque appel réussi coûte le tarif de base publié $0.002 sans jetons de modèle ni réseau sortant. Gardez les longueurs sous le plafond de nucléotides déclaré, figez protein_length et formula_applied dans les tests, et vous obtenez des réponses reproductibles de 99 résidus pour une séquence codante de 300 bases dans les devoirs, les greffons LMS et les pipelines d'annotation sans dresser une table de traduction.

Cas d'intégration

Vérifications scolaires de (n / 3) − 1

Les élèves saisissent la longueur d'un ARNm ou d'une séquence codante et comparent le protein_length renvoyé à un décompte de résidus sans stop fait à la main avant le compte rendu de laboratoire.

Oracles d'examen et fixtures de kata de code

Les correcteurs figent protein_length pour les multiples de trois et invalid_input pour les longueurs à décalage de cadre qui ne sont pas divisibles par trois.

Questions techniques

Comment convertir une longueur d'ARNm en longueur de protéine en acides aminés ?

Envoyez mrna_length en nucléotides (retranchez les UTR au besoin avec utr5_length et utr3_length). L'API renvoie protein_length = (coding_length / 3) − 1, en excluant le codon stop.

Que coûte le calculateur de longueur de protéine depuis l'ARNm ?

L'outil du navigateur est gratuit. Les requêtes API utilisent un solde prépayé à $0.002 par appel réussi ; une entrée invalide n'est pas facturée.

Consulter la documentation complète du KIT →

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Pourquoi la longueur de la protéine est les nucléotides codants divisés par trois, moins le stop

Où un calculateur de longueur de protéine depuis l'ARNm justifie son usage

Cas d’usage

Contrôles de cohérence à l'annotation d'ORF

Questions fréquentes

Outils associés

Pour les développeurs — accès API

Endpoint

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Exemple de requête

Exemple de réponse

Tarifs

Limites

Erreurs

Notes techniques

Contrat d'entrée, forme de la réponse et comportement d'erreur

Où un calculateur de longueur de protéine depuis l'ARNm justifie son usage

Cas d'intégration

Vérifications scolaires de (n / 3) − 1

Oracles d'examen et fixtures de kata de code

Questions techniques

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