Calcolatore copie di resa PCR

La reazione a catena della polimerasi moltiplica uno stampo di DNA iniziale con cicli ripetuti di denaturazione, appaiamento ed estensione. Ogni ciclo riuscito moltiplica il prodotto precedente per uno più l’efficienza per ciclo, così il numero teorico di copie dopo n cicli è il conteggio dello stampo iniziale per (uno più E) elevato a n. Questo calcolatore di copie di resa PCR applica esattamente quell’esponenziale in forma chiusa: Lei indica il numero di copie dello stampo, il conteggio dei cicli e, se lo desidera, l’efficienza in percento (cento per cento significa raddoppio perfetto). Restituisce le copie teoriche di prodotto, l’amplificazione in volte, il logaritmo in base dieci delle copie e una stringa compatta in notazione scientifica per il taccuino. È un modello esponenziale teorico; non adatta un plateau, l’esaurimento dei primer né la morte enzimatica.

Che cosa significa la resa teorica in copie PCR

La resa teorica del prodotto PCR in numero di copie segue la mappa esponenziale N uguale a N-zero per (uno più E) elevato a n, dove N-zero è il numero di molecole di stampo presenti all’inizio della ciclazione, n è il numero di cicli termici completati ed E è l’efficienza di amplificazione per ciclo espressa come frazione tra zero e uno.

Quando l’efficienza è cento per cento, E vale uno e la formula si riduce alla nota legge di raddoppio N uguale a N-zero per due elevato a n: trenta cicli da cento copie iniziali producono cento volte due alla trentesima, ossia centosette miliardi trecentosettantaquattro milioni centottantaduemilaquattrocento molecole teoriche di amplicone. Quando l’efficienza è novanta per cento, il moltiplicatore di ogni ciclo è uno punto nove anziché due, così gli stessi trenta cicli rendono molte meno copie della curva ideale di raddoppio.

Un’efficienza dello zero per cento significa che lo stampo non viene copiato: il fattore di amplificazione vale uno e il conteggio di prodotto uguaglia il conteggio iniziale. Il ciclo zero è consentito e restituisce semplicemente lo stampo di partenza, utile quando Lei vuole verificare sul taccuino che il calcolatore non inventi amplificazione. Il modello è in forma chiusa e deterministico; non simula ogni ciclo come un processo stocastico di ramificazione, non consuma deossinucleotidi e non entra in plateau.

Le reazioni reali lasciano la fase esponenziale quando primer, polimerasi o nucleotidi diventano limitanti, quindi tratti l'uscita come un tetto teorico, non come una previsione da lettore di piastra. Usi questa pagina quando l’intento di ricerca è la resa PCR in copie, il numero di copie di amplicone dopo n cicli o l’amplificazione PCR teorica da un conteggio di stampo noto.

Flussi di lavoro, limiti e intento di ricerca

I laboratori di clonazione usano quel tetto per decidere se trenta oppure trentacinque cicli possano in teoria raggiungere una banda visibile da uno stampo scarso. Chi sviluppa metodi confronta la curva ideale (uno più E) elevato a n con i cicli di quantificazione osservati per vedere quanto la reazione si sia allontanata dalla crescita esponenziale.

I laboratori didattici possono fissare l’efficienza a cento per cento così gli studenti si concentrano sulla legge di raddoppio, poi abbassarla a ottanta o novanta per cento per mostrare come una piccola perdita per ciclo si accumuli su un programma intero. Limiti: questo strumento non converte le copie in nanogrammi (serve la lunghezza dell’amplicone e la massa media per coppia di basi), non inverte un ciclo di quantificazione verso la quantità iniziale, non adatta un plateau logistico a cinque parametri e non raccomanda temperature di appaiamento.

L’intento di ricerca di questa pagina include calcolatore di copie di resa PCR, numero teorico di copie di amplicone, copie di DNA dopo cicli PCR e resa di amplificazione dallo stampo iniziale. La convalida fallita non consuma il saldo prepagato.