Calculadora de cópias de rendimento PCR

A reação em cadeia da polimerase multiplica um molde de DNA inicial por ciclos repetidos de desnaturação, anelamento e extensão. Cada ciclo bem-sucedido multiplica o produto anterior por um mais a eficiência por ciclo, de modo que o número teórico de cópias após n ciclos é o recuento de molde inicial vezes (um mais E) elevado a n. Esta calculadora de cópias de rendimento PCR aplica exatamente essa exponencial em forma fechada: você informa o número de cópias do molde, a contagem de ciclos e, se quiser, a eficiência em por cento (cem por cento significa duplicação perfeita). Devolve as cópias teóricas de produto, a amplificação em vezes, o logaritmo na base dez das cópias e uma cadeia compacta em notação científica para o caderno. Este é um modelo exponencial teórico; não ajusta platô, esgotamento de primers nem morte enzimática.

O que significa o rendimento teórico de cópias PCR

O rendimento teórico do produto PCR em número de cópias segue o mapa exponencial N igual a N-zero vezes (um mais E) elevado a n, em que N-zero é o número de moléculas de molde presentes no início da ciclagem, n é o número de ciclos térmicos concluídos e E é a eficiência de amplificação por ciclo expressa como fração entre zero e um.

Quando a eficiência é cem por cento, E vale um e a fórmula se reduz à lei familiar de duplicação N igual a N-zero vezes dois elevado a n: trinta ciclos a partir de cem cópias iniciais produzem cem vezes dois à trigésima, ou seja, cento e sete bilhões trezentos e setenta e quatro milhões cento e oitenta e dois mil e quatrocentas moléculas teóricas de amplicon.

Quando a eficiência é noventa por cento, o multiplicador de cada ciclo é um ponto nove em vez de dois, de modo que os mesmos trinta ciclos rendem bem menos cópias que a curva ideal de duplicação. Eficiência de zero por cento significa que o molde não é copiado: a amplificação em vezes vale um e o recuento de produto iguala o recuento inicial. O ciclo zero é permitido e simplesmente devolve o molde de partida, útil quando você quer conferir no caderno que a calculadora não inventa amplificação.

O modelo é de forma fechada e determinístico; não simula cada ciclo como um processo estocástico de ramificação, não consome desoxinucleotídeos e não entra em platô. Reações reais saem da fase exponencial quando primers, polimerase ou nucleotídeos se tornam limitantes, então trate a saída como um teto teórico, não como previsão de leitor de placa. Use esta página quando a intenção de busca for rendimento PCR em cópias, número de cópias de amplicon após n ciclos ou amplificação PCR teórica a partir de um recuento de molde conhecido.

Fluxos de trabalho, limites e intenção de busca

Laboratórios de clonagem usam esse teto para decidir se trinta versus trinta e cinco ciclos podem, em teoria, alcançar uma banda visível a partir de um molde escasso. Quem desenvolve métodos compara a curva ideal (um mais E) elevado a n com os ciclos de quantificação observados para ver o quanto a reação se afastou do crescimento exponencial.

Laboratórios de ensino podem fixar a eficiência em cem por cento para que os alunos se concentrem na lei de duplicação e depois baixá-la a oitenta ou noventa por cento para mostrar como uma perda pequena por ciclo se acumula ao longo de um programa completo. Limites: esta ferramenta não converte cópias em nanogramas (isso exige comprimento de amplicon e massa média por par de bases), não inverte um ciclo de quantificação até a quantidade inicial, não ajusta um platô logístico de cinco parâmetros e não recomenda temperaturas de anelamento.

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